基因序列資料庫最吸引人的就是它巨大的資料量,但是由於在成立之時沒有經過良好的規劃,以致於累積了許多的重複序列資料,以致於無法很容易的由其中選出想要的資料。至於 EST 資料庫,這個問題就更嚴重了,因為EST的來源眾多,而且數量很大,可能具有高度的重複性,不同的 EST 可能對應至相近的實際基因體位置,不容易分辨在這個區域中基因的真實數目及位置。
因此,在未經整理的情況下,很難以直接使用這些 EST 資料,做為各個人類獨特基因的標幟。美國國家衛生院所屬的國家生物科技資訊中心 (National Center of Biotechnology Information,簡稱為 NCBI)為了要解決這個問題,便進行了一個實驗性質的計畫,目標是將重複的序列資訊合併,以造成一個不含多餘性序列資訊(non-redundant)的資料庫,稱之為 UniGene。