簡 介
在 進 行 序 列 搜 尋 時 ， 隨 著 所 使 用 的 搜 尋 方 法 (Algorithm) 的 不 同 ， 靈 敏 度 越 高 的 搜 尋 方 法 所 需 的 計 算 量 越 大 ， 而 花 費 的 時 間 也 就 越 長 。但 在 實 際 的 運 用 上 ， 靈 敏 度 較 高 的 搜 尋 方 法 ， 可 以 讓 研 究 人 員 找 到 更 正 確 的 資 料 ， 節 省 一 一 查 看 序 列 的 時 間 ， 並 提 高 研 究 的 品 質 。 而 搜 尋 方 法 中 靈 敏 度 最 高 的 Smith-Waterman algorithm ， 因 為 計 算 量 太 大 ， 若 使 用 一 般 的 電 腦 系 統 來 做 運 算 會 花 費 太 多 的 時 間 ， 因 此 現 今 大 多 數 研 究 單 位 都 是 選 用 如 Blast 和 FastA 等 靈 敏 度 較 差 但 運 算 時 間 較 短 的 搜 尋 方 法 來 執 行 序 列 搜 尋 的 工 作 。GenWeb 快 速 序 列 搜 尋 系 統 ， 是 專 為 序 列 搜 尋 所 設 計 的 ， 在 執 行 序 列 搜 尋 時 的 速 度 可 以 比 一 般 系 統 快 上 數 十 至 數 百 倍 ， 因 此 可 以 用 來 進 行 一 般 系 統 難 以 執 行 的 Smith-Waterman 序 列 搜 尋 和 更 快 速 的 執 行 其 他 序 列 搜 尋 的 相 關 程 式 ， 本 系 統 現 有 功 能 如 下 :
| Smith-Waterman | Smith-Waterman | 由 Smith & Waterman (1981) 所 發 展 的 序 列 搜 尋 方 法 ， 可 以 十 分 精 細 的 比 對 並 容 許 gap 的 產 生 ， 但 需 要 花 費 許 多 時 間 做 大 量 的 計 算 ， 故 需 高 效 電 腦 或 特 別 的 電 腦 系 統 如 GenWeb 來 進 行 此 類 序 列 搜 尋 |
| FrameSearch | 由 GCG 所 發 展 的 搜 尋 方 法 ， 以 Smith-Waterman algorithm 為 基 礎 作 序 列 搜 尋 ， 特 點 是 在 核 酸 序 列 與 胺 基 酸 序 列 互 相 比 對 時 可 容 許 frameshift 的 產 生 | |
| Frame + | 在 做 FrameSearch 比 對 時 將 Sequence error 和 insertion 分 開 處 理 ， 適 合 cDNA/EST 與 蛋 白 質 間 的 比 對 | |
| ProfileSearch | 以 蛋 白 質 的 profile 來 做 序 列 搜 尋 ， 以 此 可 找 到 蛋 白 質 的 structural motif 或 是 預 測 其 功 能 | |
| FastA | 由 Pearson & Lipman (1988) 所 發 展 之 序 列 搜 尋 方 法 ， 較 Smith-Waterman 快 速 而 精 確 性 相 近 | |
| Blast | 由 Altschul et al.(1990) 所 發 展 ， 是 現 今 最 快 速 的 序 列 搜 尋 方 法 ， 但 靈 敏 性 較 差 | |
| GeneHunt | 可 在 query sequence 尋 找 最 可 能 是 exon 和 intron 的 位 置 ， 由 此 在 genomic DNA sequence 中 找 到 基 因 |
| RepEater | 以 Smith-Waterman algorithm 在 Genomic DNA sequence 中 尋 找 internal 和 external repeats |
