ProfileSearch 的 使 用 方 法

ProfileSearch 是 以 一 個 蛋 白 質 或 核 酸 的 Profile 到 資 料 庫 進 行 搜 尋 , 這 個 profile 必 須 是 由 多 個 具 一 定 程 度 相 似 性 的 序 列 所 製 作 出 的 , 使 用 者 可 以 利 用 GCG Command Mode 的 ProfileMake 來 協 助 製 作 Profile

GCG 雖 然 也 可 以 進 行 ProfileSearch , 而 且 SeqWeb 已 將 下 列 步 驟 併 成 單 一 個 程 式 ProfileSearch來進行, 但 搜 尋 速 度 較 GenWeb 慢 非 常 多 , 所 以 還 是 建 議 使 用 者 依 下 列 的 例 子 來 進 行 :

製 作 List file

進 入 GCG Command Mode , 將 使 用 者 認 為 具 相 似 性 或 同 源 性 的 一 群 序 列 的 名 稱 先 做 成 List file (關於List File) 在 GCG 中 , Blast, Fasta, Lookup 和 Stringsearch 的 output file 也 是 List file 的 一 種 使 用 者 可 以 自 行 決 定 如 何 運 用 。 下 列 為List file capb.lst 的 內 容 :
sw:CAPB_CHICK
sw:CAPB_MOUSE
sw:CAPB_HUMAN
sw:CAPB_CAEEL

以 List file 進 行 多 序 列 並 列 分 析 -- PileUP

將 上 面 的 List File 做 為 pileup 程 式 的 input ( @capb.lst ) , 做 出 並 列 分 析 的 結 果 , 這 個 output file 的 形 式 稱 為 MSF File ( capb.msf ) 。

因 為 GCG 的 Profilemake 沒 有 並 列 分 析 的 功 能 , 所 以 在 進 行 之 前 一 定 要 先 以 pileup 做 多 序 列 的 並 列 分 析 再 將 並 列 分 析 的 結 果 做 為 profilemake 的 input file

如 果 使 用 者 對 GCG Command Mode 的 List file 的 使 用 不 熟 悉 , 也 可 以 直 接 以 SeqWeb 來 做 pileup, 再 將 pileup 結 果 (.msf) 存 成 純 文 字 檔 , 再 上 傳 到 GCG Command Mode 進 行 profilemake

以 PileUp 結 果 做 出 Profile--ProfileMake

在 GCG Comamnd Mode 中 執 行 ProfileMake , 以 PileUp 結 做 為 input file ( capb.msf{*} ) , 得 到 一 個 profile 檔 案 -- capb.prf

以 所 得 的 Profile 在 GenWeb 中 進 行 ProfileSearch

將 GCG Command Mode 所 得 到 的 Profile 檔 案 , 以 檔 案 傳 輸 (ftp) 下 傳 至 個 人 電 腦 中 , 再 進 入 GenWeb 的 ProfileSearch 中 , 將 Profile 檔 做 為 local input file 就 可 以 順 利 進 行 ProfileSearch

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