以 3’未轉譯區域成為基因序列標幟位置 (Wilcox, et al, 1991)。
由於各個不同基因的 3’未轉譯區域大多是獨特的，因此用來作為特定基因的標幟是很恰當的選擇，更好的是可以避免 intron 的干擾。但是若以這種方式來進行，就必須要有許多已知基因的序列才行。
以 5’未轉譯區域成為基因序列標幟位置(Adams, et al, 1991)。
利用5‘表現序列標幟來輔助基因定位的概念
表現序列標幟 (Expressed Sequence Tags, EST)
3‘-untranslated region
5‘-untranslated
region
Coding region
Exon
I
n
t
r
o
n