Select Application -- 選 擇 分 析 方 法

在 執 行 GenWeb Search 時 , 所 選 的 application 必 須 和 所 選 的 Database 及 Query Sequence 配 合 , 否 則 無 法 執 行 。

Smith Waterman/Profile

Application	Query	Database	Description
sw	DNA	DNA	包 含 affine scoring, 例 如 將 gap open 和 gap extend 參 數 可 分 開 計 分 ; 若 是 DNA 的 query , 在 搜 尋 時 會 同 時 將 其 complement 序 列 也 拿 來 進 行 搜 尋 。
	Protein	Protein
frame_n2p	DNA	Protein	核 酸 序 列 與 胺 基 酸 序 列 互 相 比 對 時 容 許 frameshift 的 產 生, 在 其 advance mode 時 可 以 分 開 處 理 sequence error 和 insertion 參 數 , 即 為 frame+_n2p和frame+_p2n 。
frame_p2n	Protein	DNA
profilesearch	Profile	Protein or DNA	可 利 用 核 酸 或 蛋 白 質 序 列 整 理 所 得 的 profile 來 搜 尋 資 料 庫 。
proframesearch	Protein Profile	DNA	以 protein profile 進 行 profile frame search。
tprofilesearch	Protein Profile	DNA	以 protein profile 對 DNA 資 料 庫 進 行 搜 尋 , 將 DNA 轉 譯 成 六 個 reading frame 來 比 對 , 所 得 結 果 中 會 指 明 best alignment 是 位 於 那 一 個 frame 。
tswn	Protein	DNA	在 search 時, DNA 會 被 轉 譯 成 六 個 不 同 的 fram 分 別 和 protein 比 對 。
tswp	DNA	Protein

Fasta

Application	Query	Database	Description
fasta	DNA	DNA	以 DNA 搜 尋 DNA 資 料 庫 , 以 protein 搜 尋 protein 資 料 庫 。
	Protein	Protein
fastax	DNA	Protein	以 DNA 搜 尋 protein 資 料 庫 。
tfasta	Protein	DNA	以 protein 搜 尋 translated DNA 資 料 庫 。
tfastx	Protein	DNA	以 protein 搜 尋 translated, potentially frameshifted DNA 資 料 庫 。* 請 以 Batch Mode 使 用 *

Blast

Application	Query	Database	Description
blastn	DNA	DNA	以 DNA 搜 尋 DNA 資 料 庫 。 * 建 議 改 用 GCG Command Mode *
blastp	Protein	Protein	以 protein 搜 尋 protein 資 料 庫 。
blastx	DNA	Protein	以 DNA 搜 尋 protein 資 料 庫 。
tblastn	Protein	DNA	以 protein 搜 尋 translated DNA 資 料 庫 。
tblastx	DNA	DNA	將 DNA 轉 譯 成 六 個 reading frame 搜 尋 轉 譯 成 六 個 reading frame 的 DNA 資 料 庫 。

** 注 意 ** 　 現 有 的 GenWeb 版 本 在 執 行 blastn 及 tfastx 時 無 法 以 硬 體 加 速 , 執 行 速 度 將 會 十 分 緩 慢 , 因 此 建 議 使 用 者 以 GCG Command Mode來 進 行 blastn 程 式 , 或 以 Batch Mode 來 使 用 tfastax 。

Genomic Analysis

Application	Description
GeneHunt	可 在 query sequence 尋 找 最 可 能 是 exon 和 intron 的 位 置 ， 由 此 在 genomic DNA sequence 中 找 到 基 因 。
RepEater	以 Smith-Waterman algorithm 在 Genomic DNA sequence 中 尋 找 internal 和 external repeats

[ 回到頁首 ]

【 到上頁 】 　 【 回GenWeb使用說明目錄】 　【 到下頁 】

---

【 回生物資訊首頁 】 　【 回本院 GCG 首頁 】 　【給生物資訊的意見 】

---

---

Copyright 1997 National Health Research Institutes. All rights reserved.

請惠賜意見 Last updated 1998/10/28