The PAM250 scoring matrix
A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V
A 2
R
-2 6
N 0 0 2
D 0 -1 2
4
C
-2 -4 -4 -5 12
Q 0 1
1 2 -5 4
E 0 -1 1
3 -5 2
4
G 1 -3 0 1 -3 -1 0 5
H
-1 2
2 1 -3 3
1 -2 6
I
-1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 5
L
-2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2 2
6
K
-1 3
1 0 -5 1 0 -2 0 -2 -3 5
M
-1 0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2 2
4 0 6
F
-4 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2 1
2 -5 0 9
P 1 0 -1 -1 -3 0 -1 -1 0 -2
-3 -1 -2 -5 6
S 1 0 1 0 0 -1 0 1 -1 -1
-3 0 -2 -3 1
2
T 1 -1 0 0 -2 -1 0 0 -1 0 -2 0 -1
-2 0 1 3
W
-6 2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4 0 -6 -2 -5 17
Y
-3 -4 -2 -4 0 -4 -4 -5 0 -1 -1 -4 -2 7 -5 -3
-3 0 10
V 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1
-2 4
2 -2 2 -1 -1
-1 0 -6 -2 4