Specification of the relative rates of substitution among particular residues usually takes the form of a square matrix; the number of rows/columns is four in the case of bases, 20 in the case of amino acids (e.g., in PAM and BLOSUM matrices), and 61 in the case of codons (excluding stop codons).
   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V
A  2
R -2  6
N  0  0  2
D  0 -1  2  4
C -2 -4 4 -5  4
Q  0  1  1  2 -5  4
E  0 -1  1  3 -5  2  4
G  1 -3  0  1 -3 -1  0  5
H -1  2  2  1 -3  3  1 -2  6
I -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2  5
L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2  2  6
K -1  3  1  0 -5  1  0 -2  0 -2 -3  5
M -1  0 -2 -3 -5 -1 -2 -3 -2  2  4  0  6
F -4 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -2  1  2 -5  0  9
P  1  0 -1 -1 -3  0 -1 -1  0 -2 -3 -1 -2 -5  6
S  1  0  1  0  0 -1  0  1 -1 -1 -3  0 -2 -3  1  3
T  1 -1  0  0 -2 -1  0  0 -1  0 -2  0 -1 -2  0  1  3
W -6  2 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4  0 -6 -2 -5 17
Y -3 -4 -2 -4  0 -4 -4 -5  0 -1 -1 -4 -2  7 -5 -3 -3  0 10
V  0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2  4  2 -2  2 -1 -1 -1  0 -6 -2  4
The PAM 250 scoring matrix
25