Tree building
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Distance - Based
Methods
距離建樹方法根據一些尺度計算出雙重序列的距離，然後拋開真實資料，只是根據固定的距離建立進化樹。
這個簡單的運算法，在不同分支的演化速度相近時，可以用來建立親緣樹。因為在上述假設之下，核甘酸或胺基酸的置換速率與親緣遠近大約成正比，所以使用算術平均數來表示距離還算合理。此法採用一系列漸進的雙序列並列分析來做。在程式啟動後，會先將各序列兩兩比對，以找出未來做進一步並列的順序。原則上是先將最相似的序列排列在一起，變為一群
(cluster)，然後再將剩餘序列中與這兩個序列最相似的一個，與這兩個排好的序列群做並列分析。最常用的基於特徵符的建樹方法包括 UPGMA 和 NJ。
Character -
Based Methods
基於特徵符的建樹方法在建立進化樹時，優化了每一個特徵符的真實資料模式的分佈，於是雙重序列的距離不再固定，而是取決於進化樹的拓撲結構。最常用的基於特徵符的建樹方法包括 MP 和 ML。
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