投影片 1

infile

treefile

outtree

NEIGHBOR.EXE

SEQBOOT.EXE

CONSENSE.EXE

DNADIST.EXE

PROTDIST.EXE

outfile

infile

intree

outfile

DNADIST.EXE

PROTDIST.EXE

outfile

outtree

intree

Step 2.1

Republicate 就是用 Bootstrap 法生成的一個多序列組。

1.Bootstraping 就是從整個序列的堿基（氨基酸）中任意選取一半，剩下的一半序列隨機補齊組成一個新的序列。這樣，一個序列就可以變成了許多序列。一個多序列組也就可以變成許多個多序列組。根據某種演算法（最大簡約性法、最大可能性法、除權配對法或鄰位相連法）每個多序列組都可以生成一個進化樹。將生成的許多進化樹進行比較，按照多數規則（majority-rule）我們就會得到一個最“逼真”的進化樹。

2.Jackknife 則是另外一種隨機選取序列的方法。它與 Bootstrap 法的區別是不將剩下的一半序列補齊，只生成一個縮短了一半的新序列。

3.Permute 是將一個數組中的元素的順序隨機化。